"Ιϊκό" Φορτίο, Ανοησιών

Mar 08, 2023

Μετάφραση: Απολλόδωρος

10 Ιανουαρίου 2021 | VioLIEgy | Διαβάστε το εδώ

Το " ιικό" φορτίο είναι ένα κοινό μέτρο που ακούει κανείς συχνά από το CDC/WHO/MΜΕ όταν συζητά για το "Covid-19" και τη σοβαρότητα της νόσου. Θεωρείται μια εκτίμηση της ποσότητας του "ιού" που βρίσκεται στο σωματικό υγρό ενός ατόμου. Αυτό προσδιορίζεται κυρίως μέσω υπολογισμών που βασίζονται στην τιμή Cycle Threshold (Ct) από μια δοκιμή PCR. Οι ιολόγοι υποθέτουν ότι εάν ένα άτομο έχει χαμηλή τιμή Ct, έχει υψηλό " ιϊκό" φορτίο και το αντίστροφο. Υποθέτουν επίσης ότι μια χαμηλή τιμή Ct/υψηλό " ιϊκό" φορτίο ισοδυναμεί με πιο σοβαρή νόσο. Ωστόσο, η εξέταση διαφόρων πηγών δείχνει ότι η συσχέτιση δεν ισούται με την αιτιώδη συνάφεια, όσο κι αν οι ιολόγοι θέλουν να συμβαίνει αυτό:

Αυτό το πρώτο άρθρο αναφέρει ότι διάφορες μελέτες δεν έχουν βρει καμία διαφορά στο " ιϊκό" φορτίο μεταξύ εκείνων που έχουν συμπτώματα "Covid-19" και εκείνων που θεωρούνται ασυμπτωματικοί. Σημειώνουν επίσης ότι δεν υπάρχει διαφορά στο " ιϊκό" φορτίο μεταξύ παιδιών και ενηλίκων, με τα παιδιά να είναι κατά κύριο λόγο ασυμπτωματικά. Αυτό δείχνει ξεκάθαρα ότι το υποτιθέμενο " ιϊκό" φορτίο ενός ατόμου (δηλαδή η ποσότητα του " ιού" που εκτιμάται ότι υπάρχει στο σώμα) δεν έχει καμία σχέση με τη σοβαρότητα της νόσου:

"Οι επιστήμονες έχουν διαλευκάνει πολλά μυστήρια γύρω από τον κορονοϊό, αλλά ένα ερώτημα εξακολουθεί να εμπνέει συζητήσεις: Καθορίζει το ιϊκό φορτίο ενός ατόμου, η ποσότητα του ιού στο σώμα του, το πόσο θα αρρωστήσει;
Η κοινή λογική υποδηλώνει ότι η απάντηση πρέπει να είναι ναι, υψηλότερα ιϊκά φορτία προκαλούν πιο σοβαρή έκβαση. Αλλά ο κορονοϊός δεν ακολουθούσε πάντα με ακρίβεια αυτόν τον κανόνα.
Μελέτες έχουν διαπιστώσει μικρή διαφορά μεταξύ των ιϊκών φορτίων των ασθενών που εμφανίζουν συμπτώματα και εκείνων που δεν εμφανίζουν. Οι επιστήμονες δεν έχουν επίσης βρει μεγάλη διαφορά στα ιικά φορτία των ενηλίκων έναντι των παιδιών, παρόλο που τα μολυσμένα παιδιά είναι πιο πιθανό να είναι ασυμπτωματικά".
"Για να μετρήσουν τα ιϊκά φορτία, βασίστηκαν σε τιμές κατωφλίου κύκλου: ένα μέτρο του πόσος ιός ανιχνεύεται μέσα σε ένα δείγμα από μια τυπική εξέταση PCR. Οι ασθενείς με χαμηλότερα ιικά φορτία τείνουν να έχουν υψηλότερο κατώφλι, καθώς χρειάζονται περισσότεροι κύκλοι για να ενισχυθεί το γενετικό υλικό του ιού προκειμένου να ανιχνευθεί".
"Αλλά οι ερευνητές προσέφεραν μερικές επιφυλάξεις για τα ευρήματα αυτά. Κατά τη σύγκριση των αποτελεσμάτων, δεν εξέτασαν συγχυτικούς παράγοντες όπως η ηλικία ή οι προϋπάρχουσες παθήσεις, οπότε χρειάζονται περισσότερες μελέτες. Οι τιμές των ορίων του κύκλου μπορεί επίσης να διαφέρουν σημαντικά ανάλογα με τον τρόπο συλλογής ενός δείγματος και το πόσο γρήγορα αναλύεται".

https://www.yahoo.com/news/coronavirus-infections-average-seem-gotten-120300143.html

Ωστόσο, μια πηγή σίγουρα δεν είναι αρκετά καλή για να βγάλει κανείς οριστικά συμπεράσματα σχετικά με την εγκυρότητα ενός "" ιϊκού"" φορτίου. Ας δούμε τι άλλο μπορούμε να βρούμε.

Μια μελέτη από τον Ιανουάριο του 2021 δεν βρήκε καμία συσχέτιση μεταξύ του "ιικού" φορτίου και της σοβαρότητας της νόσου. Στην πραγματικότητα, τα ήπια περιστατικά είχαν χαμηλότερες τιμές Ct (υποδηλώνοντας υψηλότερα ""ιικά" φορτία") από εκείνα με σοβαρή νόσο. Η χρήση των " ιϊκών" φορτίων ως εκτίμηση της σοβαρότητας της νόσου αμφισβητήθηκε, καθώς υπήρχαν πολυάριθμοι παράγοντες που επηρέαζαν το αποτέλεσμα των αποτελεσμάτων Ct, ακόμη και με διαφορετικά αποτελέσματα Ct χρησιμοποιώντας το ίδιο δείγμα και το ίδιο κιτ:

Δεν υπάρχει συσχέτιση μεταξύ των τιμών Ct και της σοβαρότητας της νόσου ή της θνησιμότητας σε ασθενείς με νόσο COVID 19

"Στη μικρή μας μελέτη δεν μπορέσαμε να καταδείξουμε καμία συσχέτιση μεταξύ των τιμών Ct και της σοβαρότητας της νόσου. Παρόλο που οι ασθενείς με ήπια νόσο είχαν χαμηλότερες τιμές Ct και ενδεχομένως υψηλότερα ιικά φορτία, είχαν επίσης εξεταστεί νωρίτερα (διάμεση τιμή 3 ημέρες) από εκείνους με σοβαρή νόσο (διάμεση τιμή 5 ημέρες). Ωστόσο, στους ασθενείς με σοβαρή νόσο οι τιμές Ct εκείνων που πέθαναν ήταν σημαντικά χαμηλότερες από εκείνους που επέζησαν- αλλά ταυτόχρονα αυτοί οι ασθενείς είχαν μικρότερη διάρκεια συμπτωμάτων πριν από την εξέταση (διάμεσος 3 ημέρες έναντι 5 ημερών). Αν και είναι δύσκολο να εξαχθούν συμπεράσματα από αυτά τα αποτελέσματα, φαίνεται ότι ο χρόνος από την έναρξη των συμπτωμάτων έχει ισχυρότερη σχέση με τις τιμές Ct σε σύγκριση με τη σοβαρότητα της νόσου".
"Πρόσφατα αμφισβητήθηκε η ικανότητα των τιμών Ct να αντικατοπτρίζουν το πραγματικό ιϊκό φορτίο [10]. Οι ειδικοί αναφέρουν ότι οι τιμές Ct για ένα δείγμα διαφέρουν μεταξύ διαφορετικών κιτ και τεχνικών (συμπεριλαμβανομένων των γονιδίων-στόχων, των εκκινητών και των τιμών φθορισμού κατωφλίου) και οι τιμές Ct ενδέχεται να διαφέρουν μεταξύ διαφορετικών εκτελέσεων του ίδιου κιτ. [10] Η τιμή Ct εξαρτάται επίσης από τη μέθοδο συλλογής του δείγματος και ως εκ τούτου ενδέχεται να υπάρχει διακύμανση στις τιμές Ct μεταξύ δύο διαφορετικών δειγμάτων που λαμβάνονται από το ίδιο άτομο την ίδια ημέρα και εκτελούνται με το ίδιο κιτ. Οι τιμές Ct εξαρτώνται επίσης από το χρόνο συλλογής του δείγματος σε σχέση με την έναρξη των συμπτωμάτων- τα δείγματα που συλλέγονται νωρίτερα κατά τη διάρκεια της ασθένειας θα έχουν χαμηλότερες τιμές Ct από εκείνα που συλλέγονται αργότερα κατά τη διάρκεια της ασθένειας [11]. Επομένως, ο χρόνος δειγματοληψίας από την έναρξη της νόσου πρέπει να ελέγχεται κατά τη σύγκριση των τιμών Ct μεταξύ ήπιας και σοβαρής νόσου. Η μελέτη μας αποδεικνύει το ίδιο σημείο".

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC7667391/#__ffn_sectitle

Αυτό που έχει ενδιαφέρον σε αυτή την επόμενη μελέτη από τον Ιούνιο του 2021 είναι οι δύο περιπτώσεις όπου οι ερευνητές επισημαίνουν ότι υπάρχει μια κατηγορία επιστημόνων που διαφωνεί σήμερα με τη χρήση της PCR ως το "χρυσό πρότυπο" διαγνωστικό εργαλείο για το "SARS-COV-2". Ίσως οι προαναφερθέντες επιστήμονες είναι αυτοί που είναι διανοητικά ειλικρινείς και κατανοούν τους σοβαρούς περιορισμούς της τεχνολογίας; Οι συγγραφείς κατέληξαν στο συμπέρασμα ότι είναι εξαιρετικά σημαντικό να αναπτυχθούν αξιόπιστες και αποτελεσματικές μέθοδοι για την εκτίμηση του "ιικού" φορτίου. Αναγνώρισαν ότι απαιτούνται περαιτέρω μελέτες προκειμένου να απεικονιστεί η σχέση μεταξύ του "ιικού" φορτίου με τους βιώσιμους "ιούς" και της σοβαρότητας/μολυσματικότητας της νόσου και ότι παραμένουν ερωτήματα και κενά γνώσης σχετικά με οποιαδήποτε συσχέτιση μεταξύ των τιμών Ct και της σοβαρότητας της νόσου. Με άλλα λόγια, οι εκτιμήσεις του "ιικού" φορτίου είναι απολύτως ανούσιες:

Συσχέτιση των τιμών Ct της ιϊκής δυναμικής και της RT-PCR πραγματικού χρόνου με τη σοβαρότητα της νόσου στο COVID-19

"Περίληψη: Η RT-PCR πραγματικού χρόνου θεωρείται η χρυσή επιβεβαιωτική εξέταση για τη νόσο των κοροναϊών 2019 (COVID-19). Ωστόσο, πολλοί επιστήμονες διαφωνούν και είναι σημαντικό να κατανοήσουμε ότι αρκετοί παράγοντες και μεταβλητές μπορούν να προκαλέσουν μια ψευδώς αρνητική εξέταση".
"Ωστόσο, υπάρχουν ορισμένες ασάφειες, όπως το κατά πόσον είναι καλύτερο να χρησιμοποιούνται οι τιμές Ct για την πρόβλεψη του επιπέδου μολυσματικότητας και της σοβαρότητας της νόσου σε ασθενείς που έχουν μολυνθεί με SARS-CoV-2. Επιπλέον, μια κατηγορία επιστημόνων έχει αμφισβητήσει κατά πόσον η RT-PCR μπορεί να χαρακτηριστεί ως τεχνική χρυσού προτύπου για την ανίχνευση της λοίμωξης από τον SARS-CoV-2 [29,30]".
"Στο μέλλον, υπάρχει απόλυτη ανάγκη να αναπτυχθούν αξιόπιστες και αποτελεσματικές μέθοδοι για την εκτίμηση του ιικού φορτίου, ενώ απαιτούνται επίσης περαιτέρω μελέτες που να απεικονίζουν τη σχέση μεταξύ του ιικού φορτίου με τους βιώσιμους ιούς και τη σοβαρότητα/μολυσματικότητα της νόσου. Θα πρέπει επίσης να ληφθεί υπόψη ότι οι αποφάσεις σχετικά με την πρόβλεψη της σοβαρότητας της νόσου, του ποσοστού θνησιμότητας και της δυναμικής των ιών θα πρέπει να βασίζονται σε ένα ευρύ φάσμα κλινικών παραμέτρων, όπως η ηλικία, οι συννοσηρότητες και οι βιοδείκτες, δηλαδή ο αριθμός των λεμφοκυττάρων, το επίπεδο της C-αντιδρώσας πρωτεΐνης και το επίπεδο των D-dimer, καθώς υπάρχουν αρκετά ερωτηματικά και κενά γνώσης που σχετίζονται με τη θετική συσχέτιση μεταξύ των τιμών Ct και της σοβαρότητας της νόσου, η οποία δεν έχει ακόμη διερευνηθεί."

https://www.google.com/url?sa=t&source=web&rct=j&url=https://www.mdpi.com/2075-4418/11/6/1091/pdf&ved=2ahUKEwjnv93ftKfzAhXTrZ4KHbvVAgwQFnoECA4QAQ&usg=AOvVaw3fyGnWPFTueU2GOBnUAgtB

Αυτή η μελέτη από τον Ιούλιο του 2021 έδειξε και πάλι ότι δεν υπάρχει διαφορά μεταξύ των " ιϊκών" φορτίων ασυμπτωματικών και συμπτωματικών ασθενών με "Covid". Προφανώς, αυτό θα πήγαινε ενάντια στη λογική. Εάν κάποιος δεν έχει συμπτώματα, θα υποθέταμε ότι θα είχε λιγότερους "ιούς" στο σώμα του και εκείνοι με συμπτώματα θα είχαν περισσότερους "ιούς" μέσα τους. Ωστόσο, αυτό αποδεικνύεται ξανά και ξανά ότι δεν ισχύει. Υπάρχουν ασυμπτωματικές περιπτώσεις με υψηλά "ιικά" φορτία και σοβαρές περιπτώσεις με χαμηλά "ιικά" φορτία:

Διαφορά ιϊκού φορτίου μεταξύ συμπτωματικών και ασυμπτωματικών ασθενών COVID-19 : Συστηματική ανασκόπηση και μετα-ανάλυση

"Αποτελέσματα: Συνολικά, αναλύθηκαν 703 ασθενείς με COVID-19 (553 συμπτωματικοί και 150 ασυμπτωματικοί). Πέντε έρευνες ανέφεραν τη μέση ηλικία των ασθενών, αποδεικνύοντας ότι οι ασυμπτωματικοί ασθενείς ήταν νεότεροι από τους συμπτωματικούς ασθενείς (34,0 έναντι 40,3 ετών, αντίστοιχα). Τα συγκεντρωτικά δεδομένα σχετικά με τα επίπεδα έκφρασης του γονιδίου RdRp δεν αποκάλυψαν σημαντική διαφορά μεταξύ συμπτωματικών και ασυμπτωματικών ασθενών. Ομοίως, δεν παρατηρήθηκαν διαφορές συγκρίνοντας τις μέσες τιμές Ct για τα γονίδια E και N. Με βάση τα δεδομένα της RT-PCR πραγματικού χρόνου, δεν υπάρχουν διαφορές στο ιικό φορτίο μεταξύ συμπτωματικών και ασυμπτωματικών ατόμων του COVID-19, λαμβάνοντας υπόψη τις τιμές Ct για την έκφραση των γονιδίων RdRp, E και N. Τα ασυμπτωματικά άτομα ενδέχεται να αποτελούν δεξαμενή της λοίμωξης και να συμβάλλουν σημαντικά στη διατήρηση της πανδημίας".
"Η ανάλυσή μας απέδειξε ότι οι συμπτωματικοί και οι ασυμπτωματικοί ασθενείς με SARS-CoV-2 έχουν το ίδιο ιικό φορτίο, καθώς δεν παρατηρήθηκαν διαφορές όσον αφορά τις μέσες τιμές Ct για τα γονίδια RdRp, E και N μεταξύ των δύο ομάδων. Όπως είχε συστήσει ο Παγκόσμιος Οργανισμός Υγείας (ΠΟΥ), τα γονίδια RdRp, E και N αποτελούν τους στόχους για την ανίχνευση του SARS-CoV-2, συγκεκριμένα το γονίδιο E για τον έλεγχο πρώτης γραμμής, το γονίδιο RdRp για την επιβεβαιωτική εξέταση και το γονίδιο N για την πρόσθετη επιβεβαιωτική εξέταση [15]".

https://www.google.com/url?sa=t&source=web&rct=j&url=https://www.mdpi.com/2036-7449/13/3/61/pdf&ved=2ahUKEwiS1fWisqfzAhXNup4KHexBAcgQFnoECBEQAQ&usg=AOvVaw3HtfRs95FW5qdEuSjtVwnL

**Πόσος "ιός" χρειάζεται για να μολυνθεί κάποιος; Δεν το γνωρίζουν.**

Είναι σαφές από τις παραπάνω πηγές ότι το " ιϊκό" φορτίο είναι ένα εντελώς άχρηστο μέτρο. Μαζί, είναι αρκετά καταδικαστικές. Ωστόσο, ως τελευταίο καρφί στο φέρετρο για το πώς η PCR δεν μπορεί να χρησιμοποιηθεί για τον προσδιορισμό του λεγόμενου "ιϊκού" φορτίου, η Ένωση Εργαστηρίων Δημόσιας Υγείας (Association for Public Health Laboratories) κυκλοφόρησε έναν μάλλον κατατοπιστικό οδηγό τον Νοέμβριο του 2020, από τον οποίο έχω παραθέσει μερικά σημαντικά σημεία:

Υπάρχει μεταβλητότητα στις τιμές Ct;

Σύντομη απάντηση: Ναι.

Ο αριθμός των κύκλων που απαιτούνται για την ανιχνεύσιμη ενίσχυση του ιικού RNA εξαρτάται από έναν μακρύ κατάλογο μεταβλητών πέρα από το πόσο ιικό RNA υπάρχει σε ένα δείγμα ασθενούς. Οι σχετικές επιδράσεις αυτών των μεταβλητών στην τιμή Ct διαφέρουν μεταξύ των πλατφορμών εξέτασης και μπορεί να διαφέρουν σε μεγάλο βαθμό.

Οι μεταβλητές που μπορούν να επηρεάσουν τις τιμές Ct περιλαμβάνουν, μεταξύ άλλων, τα εξής:

Προαναλυτικές μεταβλητές
- Αποτελεσματικότητα της συλλογής του δείγματος
- Χρόνος συλλογής του δείγματος μετά την έναρξη της λοίμωξης
- Επίδραση μεταξύ τύπου δείγματος και μήτρας
- Τύπος δείγματος - το επίπεδο του ιικού RNA σε διαφορετικούς τύπους δειγμάτων (π.χ. ανώτερη έναντι κατώτερης αναπνευστικής οδού) μπορεί να διαφέρει μεταξύ δειγμάτων από τον ίδιο ασθενή την ίδια χρονική στιγμή
- Συνθήκες αποθήκευσης και μεταφοράς του δείγματος πριν από την εξέταση
- Ηλικία του δείγματος

Αναλυτικές μεταβλητές
- Αποδοτικότητα εκχύλισης νουκλεϊκού οξέος
- Ποσότητα ιικού RNA στο δείγμα
- Φύση του RNA-στόχου και σχεδιασμός των αλληλουχιών εκκινητή/ανιχνευτή
- Αποδοτικότητα της χημείας PCR πραγματικού χρόνου στην ανάλυση (μονήρης, πολλαπλή)
- Μέθοδος για τον ορισμό/προσδιορισμό της τιμής Ct

Μπορώ να πάρω ποσοτική εξέταση για τον HIV, γιατί δεν μπορώ να πάρω μία για το COVID-19;

Σύντομη απάντηση: Δεν είναι επί του παρόντος διαθέσιμα στο εμπόριο στις ΗΠΑ.

Οι ποσοτικές δοκιμασίες ιικού φορτίου είναι ειδικά σχεδιασμένες για τον σκοπό αυτό. Εκτελούνται σε τύπους δειγμάτων που μετριάζουν την επίδραση των μεταβλητών στην τιμή Ct και περιλαμβάνουν ελέγχους και υπολογισμούς για την αξιολόγηση του ιικού φορτίου. Για παράδειγμα, μια ανάλυση ποσοτικού ιικού φορτίου HIV εκτελείται σε δείγμα αίματος. Αυτό το δείγμα είναι ομοιογενές και μπορεί να συλλεχθεί με πολύ τυποποιημένο τρόπο. Η δοκιμασία PCR πραγματικού χρόνου που χρησιμοποιείται για τον υπολογισμό του ιικού φορτίου περιλαμβάνει ένα σύνολο ελέγχων για την "τυποποίηση" του δείγματος (π.χ., έναν έλεγχο για την επάρκεια του δείγματος) και ένα σύνολο προτύπων (δηλ. γνωστές αραιώσεις του ιού για βαθμονόμηση). Οι τιμές Ct του δείγματος ασθενούς συγκρίνονται με εκείνες της πρότυπης καμπύλης για τον υπολογισμό του ιικού φορτίου σε ένα τυποποιημένο δείγμα.
Αυτός ο τύπος ανάλυσης δεν είναι ακόμη διαθέσιμος για τον SARS-CoV-2. Τα αναπνευστικά δείγματα δεν είναι ομοιογενή και είναι δύσκολο να τυποποιηθούν. Η διαδικασία συλλογής ενός αναπνευστικού δείγματος δεν προσφέρεται για τον ποσοτικό προσδιορισμό της ποσότητας του ιού που υπάρχει. Κάθε συλλογή επιχρίσματος είναι διαφορετική και δεν διασφαλίζει ότι συλλέγεται η ίδια ποσότητα δείγματος. Η ποιότητα της συλλογής του δείγματος επηρεάζεται από άλλες μεταβλητές, όπως η ικανότητα του συλλέκτη, το ποιο ρουθούνι σκουπίζεται πρώτο ή αν ο ασθενής έφαγε ή ήπιε πρόσφατα. Πολλές διαγνωστικά τεστ COVID-19 PCR πραγματικού χρόνου δεν περιλαμβάνουν ελέγχους επάρκειας δείγματος και όσες το κάνουν εξακολουθούν να μην διαθέτουν την απαραίτητη τυποποίηση για τον υπολογισμό του ιικού φορτίου.

Cts και μολυσματικότητα-μπορούμε να συμπεράνουμε το ένα από το άλλο;

Σύντομη απάντηση: Όχι.

Υπάρχουν διάφοροι λόγοι για τους οποίους οι τιμές Ct δεν πρέπει να χρησιμοποιούνται για να προσδιοριστεί πόσο μολυσματικός είναι κάποιος. Οι πρώτοι αφορούν τη φύση των διαθέσιμων μεθόδων εξέτασης και την εγγενή μεταβλητότητα των τιμών Ct:
- Οι διαθέσιμες δοκιμασίες είναι ποιοτικές και όχι ποσοτικές. Οι ποιοτικές δοκιμές δεν έχουν σχεδιαστεί για να παρέχουν ένδειξη πιθανής μολυσματικότητας.
- Υπάρχουν πολλές μεταβλητές που επηρεάζουν την τιμή Ct οι οποίες δεν σχετίζονται με την ποσότητα του ιικού RNA σε ένα δείγμα (βλ.ανωτέρω).
- Η μόνη διαθέσιμη μέθοδος για τον προσδιορισμό της παρουσίας ζωντανού ιού σε ένα δείγμα είναι ο εμβολιασμός του ιού σε κυτταρική καλλιέργεια για να διαπιστωθεί εάν ο ιός μπορεί να αναπτυχθεί εκεί. Αυτή είναι μια πολύ αναίσθητη και ποιοτική μέθοδος, μπορεί να μην ανιχνεύει χαμηλά επίπεδα μολυσματικού ιού και δεν συσχετίζεται απαραίτητα με τη μολυσματικότητα.

Επίσης, δεν υπάρχουν απλώς αρκετά δεδομένα αυτή τη στιγμή για να συναχθεί συσχέτιση μεταξύ του ανιχνεύσιμου ιικού RNA του SARS-CoV-2 και της μολυσματικότητας. Δεν γνωρίζουμε πόση ποσότητα ιού (όπως μετράται με την ανίχνευση ιϊκού RNA) απαιτείται σε ένα αναπνευστικό δείγμα για να μπορέσει ένα άτομο να τον μεταδώσει σε κάποιον άλλον. Δεν γνωρίζουμε επίσης ποιο είναι το "όριο" για να μην είναι πλέον ένα άτομο μολυσματικό (δηλαδή, σε ποιο σημείο η ποσότητα του ιού στο αναπνευστικό δείγμα ενός ατόμου είναι πολύ μικρή για να μπορεί να μολύνει άλλους).

Οι τιμές Ct συσχετίζονται με το ιικό φορτίο;

Σύντομη απάντηση: Συχνά, αλλά όχι πάντα.

Υπάρχει σχέση μεταξύ των τιμών Ct και της ποσότητας του ιού σε ένα δείγμα ασθενούς, αλλά δεν είναι ισοδύναμες. Υπάρχουν πολλές μεταβλητές που επηρεάζουν τις τιμές Ct (βλ. παραπάνω). Παρόλο που η Ct μπορεί να χρησιμοποιηθεί ως υποκατάστατο του ιικού φορτίου, πρέπει να δίνεται προσοχή κατά την ερμηνεία με αυτόν τον τρόπο. Μια υψηλή τιμή Ct συσχετίζεται συχνά με χαμηλό ιικό φορτίο, αλλά όχι πάντα.
Ένα δείγμα θα μπορούσε να έχει πολύ υψηλό ιικό φορτίο, αλλά και υψηλή τιμή Ct (δηλαδή, χρειάστηκαν περισσότεροι κύκλοι για την ανίχνευση του ιικού RNA) επειδή η εκχύλιση ήταν αναποτελεσματική, ο ασθενής μόλις ήπιε κάτι που ανέστειλε την αντίδραση PCR πραγματικού χρόνου ή το δείγμα συσκευάστηκε ακατάλληλα και έφτασε σε υψηλή θερμοκρασία κατά τη μεταφορά στο εργαστήριο και το ιικό RNA στο δείγμα αποικοδομήθηκε στη θερμότητα.
Κάθε δείγμα που παράγει αποτέλεσμα που ορίζεται ως "θετικό" από τον κατασκευαστή της δοκιμής θεωρείται θετικό. Όπως συμβαίνει με κάθε διαγνωστική εξέταση, το αποτέλεσμα πρέπει να ερμηνεύεται στο κλινικό πλαίσιο.
Πρέπει επίσης να λαμβάνεται υπόψη η διαδικασία αντιγραφής και μόλυνσης του ιού. Εάν ένα δείγμα συλλεχθεί πολύ κοντά στον χρόνο της αρχικής μόλυνσης, το ιικό φορτίο μπορεί να είναι πολύ χαμηλό, καθώς ο ιός δεν είχε πολύ χρόνο να πολλαπλασιαστεί- ένα δείγμα που θα συλλεχθεί τις επόμενες ημέρες μπορεί να έχει πολύ υψηλότερο ιικό φορτίο. Ένα δείγμα που συλλέγεται πολλές ημέρες έως εβδομάδες μετά την αρχική λοίμωξη μπορεί να έχει χαμηλό ιικό φορτίο και το ιικό RNA μπορεί να είναι ανιχνεύσιμο για πολλές εβδομάδες μετά τη λοίμωξη σε ορισμένους ασθενείς. Περιορισμένα επιδημιολογικά και καλλιεργητικά δεδομένα δείχνουν ότι οι ασθενείς δεν είναι μολυσματικοί περισσότερο από 10-15 ημέρες μετά την έναρξη των συμπτωμάτων.

Μπορώ να συγκρίνω μια τιμή Ct από μια μέθοδο εξέτασης με μια άλλη;

Οι τιμές Ct και τα όρια αποκοπής εξαρτώνται από την ανάλυση και τη μέθοδο. Ένα δείγμα με τιμή Ct 35 από μία δοκιμασία δεν θα έχει απαραίτητα την ίδια τιμή Ct από άλλες δοκιμασίες. Οι τιμές αυτές μπορεί να διαφέρουν έως και δύο με τρεις λογαρίθμους από εξέταση σε εξέταση λόγω του τρόπου με τον οποίο έχουν σχεδιαστεί οι εξετάσεις.1
Μπορεί να υπάρχει διαφορά στη σχετική ευαισθησία των εγκεκριμένων από τον FDA δοκιμών, η οποία μπορεί επίσης να επηρεάσει τις τιμές Ct. Σύμφωνα με συγκριτικά δεδομένα που δημοσίευσε πρόσφατα ο FDA χρησιμοποιώντας μια πρότυπη ομάδα, μπορεί να υπάρχει διαφορά έως και 1000 φορές μεταξύ των διαφόρων δοκιμασιών.2"

https://www.google.com/url?sa=t&source=web&rct=j&url=https://www.nj.gov/health/cd/documents/topics/NCOV/APHL-COVID19-Ct-Values.pdf&ved=2ahUKEwjc-d2LnKfzAhX3IjQIHa6tB5k4ChAWegQIGhAB&usg=AOvVaw0qebVRmK5hvckZHwyQJ7P7

Αυτή ήταν μια ακόμη καυστική προειδοποίηση σχετικά με τη χρήση των τιμών Ct για τον προσδιορισμό του λεγόμενου "ιικού" φορτίου. Ίσως είναι λόγω των επιστημονικών δεδομένων (ή της έλλειψης αυτών) που το CDC είπε επίσης τα ίδια σχετικά με τις τιμές Ct και το " ιϊκό" φορτίο.

Σύμφωνα με μια μελέτη του CDC:

"Οι ακριβείς τιμές Ct της RT-PCR που σχετίζονται με την παρουσία μολυσματικού SARS-CoV-2 είναι άγνωστες"

https://wwwnc.cdc.gov/eid/article/26/7/20-1595_article#r23

Σύμφωνα με το CDC Q & A (Ερωτήσεις & Απαντήσεις):

Q. Μπορούν οι τιμές κατωφλίου κύκλου (Ct) να χρησιμοποιηθούν για την πρόσβαση στο πότε ένα άτομο δεν είναι πλέον μολυσματικό;

A. Όχι. Παρόλο που οι προσπάθειες καλλιέργειας του ιού από δείγματα του ανώτερου αναπνευστικού ήταν σε μεγάλο βαθμό ανεπιτυχείς όταν οι τιμές Ct βρίσκονται σε υψηλά αλλά ανιχνεύσιμα επίπεδα, οι τιμές Ct δεν αποτελούν ποσοτικό μέτρο του ιϊκού φορτίου. Επιπλέον, οι τιμές Ct δεν είναι τυποποιημένες ανά πλατφόρμα RT-PCR ούτε έχουν εγκριθεί από τον FDA για χρήση στην κλινική διαχείριση. Το CDC δεν εγκρίνει ούτε συνιστά τη χρήση των τιμών Ct για την εκτίμηση του πότε ένα άτομο δεν είναι πλέον μολυσματικό".

https://www.cdc.gov/coronavirus/2019-ncov/hcp/faq.html

Το CDC αντιλαμβάνεται επίσης ότι δεν μπορεί να υπάρχει συσχέτιση μεταξύ των τιμών Ct, του "ιικού" φορτίου και της σοβαρότητας/μολυσματικότητας της νόσου. Τα δεδομένα δεν υπάρχουν και όσα υπάρχουν εκεί έξω έρχονται σε αντίθεση με την αφήγησή τους. Ωστόσο, παρόλο που παραδέχονται ότι δεν υπάρχει συσχέτιση, αυτό δεν εμποδίζει το CDC/WHO/MSM να χρησιμοποιούν συνεχώς το "ιϊκό" φορτίο για να τυμπανίζουν τίτλους/συμπεράσματα χωρίς στοιχεία και ανακριβείς τίτλους/συμπεράσματα προκειμένου να δημιουργούν φόβο.

Συνοψίζοντας:

Οι μελέτες έχουν βρει μικρή διαφορά μεταξύ του "ιικού" φορτίου των ασθενών που εμφανίζουν συμπτώματα και εκείνων που δεν εμφανίζουν
Οι επιστήμονες δεν έχουν επίσης βρει μεγάλη διαφορά στα "ιικά" φορτία των ενηλίκων έναντι των παιδιών
Οι τιμές κατωφλίου του κύκλου που χρησιμοποιούνται για τον προσδιορισμό του "ιικού" φορτίου μπορεί να διαφέρουν σημαντικά ανάλογα με τον τρόπο συλλογής ενός δείγματος και το πόσο γρήγορα αναλύεται
Μια μικρή μελέτη από την Ινδία δεν μπόρεσε να καταδείξει καμία συσχέτιση μεταξύ των τιμών Ct και της σοβαρότητας της νόσου
Οι ασθενείς με ήπια νόσο είχαν χαμηλότερες τιμές Ct και ενδεχομένως υψηλότερα "ιικά" φορτία
Η ικανότητα των τιμών Ct να αντικατοπτρίζουν το πραγματικό "ιικό" φορτίο έχει αμφισβητηθεί
Οι ειδικοί αναφέρουν ότι οι τιμές Ct για ένα δείγμα διαφέρουν μεταξύ διαφορετικών κιτ και τεχνικών (συμπεριλαμβανομένων των γονιδίων-στόχων, των εκκινητών και των τιμών φθορισμού κατωφλίου) και οι τιμές Ct μπορεί να διαφέρουν μεταξύ διαφορετικών εκτελέσεων του ίδιου κιτ
Πολλοί επιστήμονες διαφωνούν ότι η RT-PCR θα πρέπει να θεωρείται το χρυσό πρότυπο επιβεβαιωτικής εξέτασης
Υπάρχει απόλυτη ανάγκη να αναπτυχθούν αξιόπιστες και αποτελεσματικές μέθοδοι για την εκτίμηση του "ιικού" φορτίου, ενώ απαιτούνται επίσης περαιτέρω μελέτες που να απεικονίζουν τη σχέση μεταξύ του "ιικού" φορτίου με τους βιώσιμους "ιούς" και τη σοβαρότητα/μολυσματικότητα της νόσου
Υπάρχουν αρκετά ερωτηματικά και κενά γνώσης που σχετίζονται με τη θετική συσχέτιση μεταξύ των τιμών Ct και της σοβαρότητας της νόσου, η οποία δεν έχει ακόμη διερευνηθεί
Μια μετα-ανάλυση αποκάλυψε, με βάση δεδομένα RT-PCR πραγματικού χρόνου, ότι δεν υπάρχουν διαφορές στο "ιικό" φορτίο μεταξύ συμπτωματικών και ασυμπτωματικών ατόμων του "COVID-19", λαμβάνοντας υπόψη τις τιμές Ct για την έκφραση των γονιδίων RdRp, E και N
Η ανάλυσή τους έδειξε ότι οι συμπτωματικοί και οι ασυμπτωματικοί ασθενείς με "SARS-CoV-2" έχουν το ίδιο " ιϊκό" φορτίο
Σύμφωνα με την Ένωση Εργαστηρίων Δημόσιας Υγείας, υπάρχει μεγάλη διακύμανση στις τιμές Ct και εξαρτώνται από έναν μακρύ κατάλογο μεταβλητών πέρα από το πόσο "ιογενές" RNA υπάρχει σε ένα δείγμα ασθενούς.
Σε αυτές περιλαμβάνονται προ-αναλυτικές μεταβλητές όπως:

Αποτελεσματικότητα της συλλογής του δείγματος
Χρόνος συλλογής του δείγματος μετά την έναρξη της λοίμωξης
Επίδραση τύπου δείγματος-ματρίδας
Τύπος δείγματος - το επίπεδο του ιικού RNA σε διαφορετικούς τύπους δειγμάτων (π.χ. ανώτερη έναντι κατώτερης αναπνευστικής οδού) μπορεί να διαφέρει μεταξύ δειγμάτων από τον ίδιο ασθενή την ίδια στιγμή
Συνθήκες αποθήκευσης και μεταφοράς του δείγματος πριν από την εξέταση
Ηλικία του δείγματος

Περιλαμβάνουν επίσης αναλυτικές μεταβλητές, όπως:

Αποδοτικότητα της εκχύλισης του νουκλεϊκού οξέος
Ποσότητα "ιικού" RNA στο δείγμα
Φύση του RNA-στόχου και σχεδιασμός των αλληλουχιών εκκινητή/ανιχνευτή
Αποδοτικότητα της χημείας PCR πραγματικού χρόνου στην ανάλυση (μονήρης, πολλαπλή)
Μέθοδος για τον ορισμό/προσδιορισμό της τιμής Ct

Οι ποσοτικές αναλύσεις δεν είναι ακόμη διαθέσιμες για τον "SARS-CoV-2".
Τα αναπνευστικά δείγματα δεν είναι ομοιογενή και είναι δύσκολο να τυποποιηθούν
Η διαδικασία συλλογής ενός αναπνευστικού δείγματος δεν προσφέρεται για τον ποσοτικό προσδιορισμό της ποσότητας του "ιού" που υπάρχει.
Πολλές διαγνωστικές δοκιμασίες PCR πραγματικού χρόνου "COVID-19" δεν περιλαμβάνουν ελέγχους επάρκειας δείγματος και όσες το κάνουν εξακολουθούν να στερούνται την απαραίτητη τυποποίηση για τον υπολογισμό του "ιικού" φορτίου
Το APHL παραδέχεται ότι υπάρχουν διάφοροι λόγοι για τους οποίους οι τιμές Ct δεν πρέπει να χρησιμοποιούνται για να προσδιοριστεί πόσο μολυσματικός είναι κάποιος
Ισχυρίζονται ότι η κυτταροκαλλιέργεια είναι μια πολύ αναίσθητη και ποιοτική μέθοδος, μπορεί να μην ανιχνεύει χαμηλά επίπεδα μολυσματικού "ιού" και δεν συσχετίζεται απαραίτητα με τη μολυσματικότητα
Δεν είναι γνωστό πόση ποσότητα "ιού" (όπως μετράται με την ανίχνευση "ιικού" RNA) απαιτείται σε ένα αναπνευστικό δείγμα για να μπορέσει ένα άτομο να τον μεταδώσει σε κάποιον άλλο
Δεν είναι επίσης γνωστό ποιο είναι το "όριο" για να μην είναι πλέον ένα άτομο μολυσματικό.
Οι τιμές Ct και τα "ιικά" φορτία δεν είναι ισοδύναμα και δεν συσχετίζονται πάντοτε
Αν και η Ct μπορεί να χρησιμοποιηθεί ως υποκατάστατο του "ιικού" φορτίου, πρέπει να δίνεται προσοχή κατά την ερμηνεία με αυτόν τον τρόπο.
Ένα δείγμα με τιμή Ct 35 σε μία ανάλυση δεν θα έχει απαραίτητα την ίδια τιμή Ct σε άλλες αναλύσεις.
Σύμφωνα με συγκριτικά δεδομένα που δημοσίευσε πρόσφατα ο FDA χρησιμοποιώντας μια πρότυπη ομάδα, μπορεί να υπάρχει διαφορά έως και 1000 φορές μεταξύ των διαφόρων δοκιμασιών
Το CDC έχει δηλώσει ότι οι ακριβείς τιμές Ct της RT-PCR που σχετίζονται με την παρουσία μολυσματικού "SARS-CoV-2" είναι άγνωστες
Το CDC δηλώνει επίσης ότι:

Οι τιμές Ct δεν αποτελούν ποσοτικό μέτρο του "ιικού" φορτίου
Οι τιμές Ct δεν είναι τυποποιημένες ανά πλατφόρμα RT-PCR ούτε έχουν εγκριθεί από τον FDA για χρήση στην κλινική διαχείριση
Δεν εγκρίνει ούτε συνιστά τη χρήση των τιμών Ct για την εκτίμηση του πότε ένα άτομο δεν είναι πλέον μολυσματικό.

Ο Kary Mullis, ο δημιουργός της εξέτασης PCR, προειδοποίησε επανειλημμένα κατά της χρήσης της εφεύρεσής του ως ποσοτικής μέτρησης του "ιϊκού" φορτίου:

"Ο Kary Mullis ... είναι απόλυτα πεπεισμένος ότι ο HIV δεν είναι η αιτία του AIDS. Όσον αφορά τα τεστ ιϊκού φορτίου, τα οποία επιχειρούν να χρησιμοποιήσουν την PCR για την καταμέτρηση των ιών, ο Mullis έχει δηλώσει:

"Η ποσοτική PCR είναι οξύμωρο". Η PCR προορίζεται για τον ποιοτικό προσδιορισμό ουσιών, αλλά από τη φύση της είναι ακατάλληλη για την εκτίμηση αριθμών. Παρόλο που υπάρχει η συνήθης εσφαλμένη εντύπωση ότι οι εξετάσεις ιϊκού φορτίου μετρούν πράγματι τον αριθμό των ιών στο αίμα, οι εξετάσεις αυτές δεν μπορούν να ανιχνεύσουν καθόλου ελεύθερους, μολυσματικούς ιούς- μπορούν μόνο να ανιχνεύσουν πρωτεΐνες που πιστεύεται, σε ορισμένες περιπτώσεις λανθασμένα, ότι είναι μοναδικές στον HIV. Τα τεστ μπορούν να ανιχνεύσουν γενετικές αλληλουχίες ιών, αλλά όχι ιούς [(29), σ. 3]".

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC4172096/

"Νομίζω ότι η κατάχρηση της PCR δεν είναι ακριβώς, δεν νομίζω ότι μπορείτε να κάνετε κατάχρηση της PCR. Τα αποτελέσματα, η ερμηνεία τους, Αν μπορούσαν να βρουν αυτόν τον ιό σε σένα καθόλου, και με την PCR, αν την κάνεις καλά, μπορείς να βρεις σχεδόν τα πάντα σε οποιονδήποτε. Αρχίζει να σε κάνει να πιστεύεις στη βουδιστική αντίληψη ότι τα πάντα περιέχονται σε όλα τα άλλα. Σωστά, εννοώ, επειδή αν μπορείτε να ενισχύσετε ένα μόνο μόριο σε κάτι που μπορείτε πραγματικά να μετρήσετε, κάτι που μπορεί να κάνει η PCR, τότε υπάρχουν πολύ λίγα μόρια που δεν έχετε τουλάχιστον ένα από αυτά στο σώμα σας, εντάξει. Έτσι, αυτό θα μπορούσε να θεωρηθεί ως κατάχρηση της, μόνο και μόνο για να ισχυριστεί κανείς ότι έχει νόημα".
"Είναι [η PCR] απλώς μια διαδικασία που χρησιμοποιείται για να φτιάξουμε ένα σωρό από κάτι από κάτι. Αυτό είναι. Δεν σου λέει ότι είσαι άρρωστος και δεν σου λέει ότι το πράγμα που κατέληξες θα σε έβλαπτε πραγματικά ή κάτι τέτοιο".

Αν ζούσε σήμερα, θα είχε διαλύσει αυτές τις μελέτες και τα άρθρα. Είναι σαφές ότι οι εκτιμήσεις του " ιϊκού" φορτίου είναι ανακριβείς, δεν είναι τυποποιημένες, επηρεάζονται από πολυάριθμες μεταβλητές εκτός της ποσότητας του RNA και ότι δεν έχουν καμία συσχέτιση με τη βαρύτητα της νόσου/τη μολυσματικότητα.